Mission principale :
Vous travaillerez dans le cadre du projet PREDIVAR sur l’automatisation de l’interprétation des variants, en collaboration avec un biologiste rattaché à l’Unité de Pathologie Moléculaire et un data scientist sur les missions suivantes :
- Participer à la mise à disposition des bases de données nécessaires pour le développement des algorithmes d’aide à l’interprétation des données génétiques.
- Gérer les évolutions nécessaires au développement de ces algorithmes sur les fonctionnalités du logiciel d’interprétation des données développé par l’institut : GenVarXplorer (GVX).
- Vous travaillerez en collaboration étroite avec les biologistes et pathologistes de l’unité de Pathologie Moléculaire du département de Biopathologie de l’institut Bergonié.
Activités générales :
- Récupérer et structurer les (bases de) données nécessaires à l’interprétation des variants génétiques
- Effectuer du data mining sur les données de littérature
- Intégrer des données cliniques / multi-omiques dans le logiciel GVX pour l’interprétation des données NGS, en assurant l’interopérabilité des données
- Assurer la configuration et le développement de nouvelles fonctionnalités de GVX.
Activités spécifiques :
- Assurer la cohérence des traitements de données avec la réglementation.
- Rédiger la documentation liée aux activités et former les utilisateurs.
- Interagir avec les biologistes et cliniciens en adéquation avec les besoins des projets.
- Travailler en équipe avec les autres bio-informaticiens de l’unité pour la bonne articulation des différents projets.
Profil attendu :
- Ingénieur informatique (biologie/santé), Master bio-informatique.
- Appétence pour les données
- Expérience dans la compréhension et la manipulation des données génomiques
- Connaissance en cancérologie sera appréciée favorablement
Compétences requises :
- Travail sous environnement linux
- Maitrise du langage Python
- Développement web (angularjs,Python Flask)
- Gestion de version Git
- Connaissance des SGBD
- Expérience en data mining est un plus
- Autonomie et capacité d’apprentissage rapide
Atouts du poste :
- Accessibilité: transports en commun à proximité, places de parking, parking vélos sécurisé.
- Prise en charge de l’abonnement transport en commun à 60%
- Comité Social et Économique : chèques cadeaux, chèques rentrée scolaire, places de cinéma…
- Restauration collective sur place avec tarif préférentiel (3,41€)
Rémunération & organisation du poste :
- Contrat de 39h/semaine avec 22 RTT/an
- Rémunération selon la grille de rémunération des CLCC, niveau cadre 1, 38 580€ à 42 856€ par an selon expérience du candidat.
