Mission principale :
Vous travaillerez dans le cadre du projet PREDIVAR sur l’automatisation de l’interprétation des variants en génétique tumorale, en collaboration avec un bio-informaticien et un biologiste rattaché à l’Unité de Pathologie Moléculaire sur les missions suivantes :
- Développer deux algorithmes d’automatisation d’interprétation des variants issus du séquençage haut débit, reposant en partie sur du machine learning et/ou deep learning.
- Vous travaillerez en collaboration étroite avec les biologistes et pathologistes de l’unité de Pathologie Moléculaire du département de Biopathologie de l’Institut Bergonié.
Activités spécifiques
Extraction et structuration des données
- Extraire les données nécessaires à l’analyse
- Effectuer du data mining sur les données de littérature
- Définir les règles de gestion et de structuration des différentes bases de données
- Documenter les spécifications d’automatisation des règles de gestion en collaboration avec l’unité de bioinformatique de la DDSN
- Maîtriser la qualité des données tout au long de leur traitement
Elaborer un algorithme semi-automatisé
- Un algorithme semi-automatisé d’interprétation des variants reposant sur un algorithme manuel élaboré par un groupe expert en génétique tumorale
Elaborer un algorithme automatisé d’interprétation des variants en génétique tumorale à partir de sources de données structurées
- Application de techniques de machine/deep learning pour l’interprétation automatique des variants génétiques
Profil attendu :
- Ingénieur informatique (biologie/santé) avec une spécialisation dans l’apprentissage automatique, master bio-informatique / data science ou IA avec une expérience en intelligence artificielle ≥ 3 ans, doctorat en sciences avec une thèse en intelligence artificielle, post-doctorant avec une expérience en IA
- Une expérience dans le domaine de la santé, et en particulier en cancérologie serait un véritable atout
- Une expérience en data mining est un vrai plus
Compétences requises :
Techniques
- Expertise en algorithme et méthodes de machine / deep learning
- Maitrise des bases de données et gestion des bases de données
- Maitrise du langage de programmation (Python)
- Environnement Linux
- Compétences en analyses statistiques
Aptitudes
- Posséder le sens des responsabilités
- Posséder le sens de la rigueur
- Esprit de synthèse et grande méthode
- Capacité d’adaptation
- Travail en équipe
- Autonomie
Atouts du poste :
- Accessibilité: transports en commun à proximité, places de parking, parking vélos sécurisé.
- Prise en charge de l’abonnement transport en commun à 60%
- Comité Social et Économique : chèques cadeaux, chèques rentrée scolaire, places de cinéma…
- Restauration collective sur place avec tarif préférentiel (3,41€)
Rémunération & organisation du poste :
Contrat de 39h/semaine avec 22 RTT/an Rémunération selon la grille de rémunération des CLCC, statut cadre, 38,5K € à 50K € par an selon expérience du candidat.
