Laboratoires

Ingénieur qualité du département : Mme Anulka Kestemont

L’intérêt de ce département est de pouvoir participer à une prise en charge globale des patients en cancérologie, en intégrant de façon multidisciplinaire les techniques de laboratoire les plus fiables mais aussi les plus innovantes.

Le Département de Biopathologie de l’Institut Bergonié a trois missions fondamentales :

  1. Soin : assurer le diagnostic et orienter la prise en charge thérapeutique des patients atteints de pathologie cancéreuse ou précancéreuse ainsi que le dépistage d’anomalies génétiques prédisposant à la survenue de cancers.
  2. Recherche : chercher les anomalies génétiques et moléculaires intervenant dans l’apparition et la progression des cancers et mettre au point des techniques de détection de ces anomalies applicables à la routine diagnostique. Le Département de Biopathologie travaille étroitement avec l’unité INSERM U1218 ACTION.
  3. Enseignement et communication : Transmettre les connaissances liées au cancer et à la prise en charge des patients souffrant d’une pathologie cancéreuse auprès des professionnels et du public.

 

Le Département de Biopathologie a été nommé Laboratoire de Biologie Médicale de Référence (LBMR) :

Le Ministère des Solidarités et de la Santé a publié l’arrêté du 15 juillet 2021 fixant la liste des Laboratoires de Biologie Médicale de Référence.

Le Département de Biopathologie a été désigné LBMR sur les spécialités suivantes :

Génétique Somatique :

  • Diagnostic pathologique, moléculaire et théranostique des cancers gynécologiques
  • Diagnostic pathologique, moléculaire et théranostique des cancers du sein
  • Screening  moléculaire théranostique des tumeurs solides
  • Diagnostic pathologique, moléculaire et théranostique  des tumeurs conjonctives

Génétique Constitutionnelle :

  • Diagnostic en biologie moléculaire du syndrome de prédisposition héréditaire au cancer du sein et de l’ovaire (gènes BRCA1, BRCA2 et PALB2)
  • Diagnostic en biologie moléculaire du syndrome de Lynch (gènes MLH1, MSH2 et MSH6)
  • Diagnostic en biologie moléculaire du syndrome de Gorlin ou naevomatose baso-cellulaire (gènes PTCH1, SUFU)
  • Diagnostic en biologie moléculaire du médulloblastome familial (gène SUFU)
  • Diagnostic moléculaire de la maladie de Cowden et des syndrome apparentés (PHTS pour Tumors Hamartoma PTEN Syndrome)

Hématologie :

  • Diagnostic intégratif des Hémopathies lymphoïdes B matures

Les LBMR sont reconnus pour avoir une compétence de haut niveau et doivent répondre à un besoin de santé publique.

Le Département de Biopathologie assoit ainsi son rôle d’expertise pour assurer le diagnostic et orienter la prise en charge thérapeutique des patients atteints de pathologie cancéreuse ou précancéreuse ainsi que le dépistage d’anomalies génétiques prédisposant à la survenue de cancers.

Cette nomination est effective pour une durée de cinq ans.

Le département de BioPathologie est accrédité par le Comité Français d’Accréditation (Cofrac), assurant que le DBP répond aux exigences de qualité et compétence de la norme NF EN ISO 15189 : « Accréditation Cofrac examens médicaux n°8-3439 – LBM Institut Bergonié – Dépt. de Biopathologie. Liste des portées disponible sur www.cofrac.fr. »

La liste détaillée des examens couverts par cette accréditation est disponible sur le site du COFRAC  dans l’application Flexi +

Utilisation de la marque Cofrac et référence textuelle à l’accréditation :

Conformément aux règles générales pour la référence à l’accréditation (GEN REF 11), lorsque la marque d’accréditation est reproduite par le département de BioPathologie, la mention suivante est apposée au logo :

LBM Institut Bergonié – Dépt. de Biopathologie
Accréditation Cofrac examens médicaux n°8-3439
Liste des portées disponible sur www.cofrac.fr

La marque d’accréditation n’est reproduite qu’en combinaison avec le logo de l’Institut Bergonié et dans des dimensions inférieures, afin que la mise en page ne laisse pas de doute sur l’identité de l’émetteur du document.

Dans le cas d’une référence à l’accréditation uniquement textuelle, la mention ci-dessous devra être présente :

LBM Institut Bergonié – Dépt. de Biopathologie
Accréditation Cofrac examens médicaux n°8-3439
Liste des portées disponible sur www.cofrac.fr

Si vous souhaitez nous faire part d’une insatisfaction, merci de compléter et de nous retourner le formulaire de réclamation suivant : BPAT-FQ-0114

Le manuel qualité du Département de Biopathologie est disponible ici.

Conformément aux exigences du Cofrac, les correspondants du Département de Biopathologie ne sont pas autorisés à utiliser sa marque d’accréditation en dehors de la reproduction intégrale des rapports ou comptes rendus de résultats émis par celui-ci. Les correspondants en ont été informés via son site internet. Si le Département de Biopathologie constatait une mauvaise utilisation ou un usage abusif de sa marque d’accréditation ou du logo Cofrac, il serait dans l’obligation d’en informer le Cofrac.

 

Le Département de Biopathologie a mis en place en avril 2016 un nouveau logiciel, dénommé ARIANE Sx permettant de gérer les activités de laboratoire des unités d’anatomocytopathologie, du Centre de Ressources Biologiques, d’oncogénétique et de pathologie moléculaire. Cet outil informatique est adapté à la multiplication et à l’automatisation des analyses, à la nécessité de mettre en commun des résultats d’analyses tissulaires et moléculaires, en y intégrant des données cliniques, et à l’obligation de sécuriser et de tracer les prélèvements dans la chaîne de production des examens. Ce logiciel est le fruit d’une collaboration avec le Centre Léon Bérard, l’Institut Curie et un industriel, Infologic-Santé. Il est né d’une vision commune du laboratoire du futur pour le diagnostic en cancérologie.

Actualités

SIGNATURE D’UNE CONVENTION DE PARTENARIAT AVEC TERASCOP

La société Terascop et l’Institut Bergonié ont officialisé la signature d’une convention de partenariat en septembre 2018 à Bordeaux. L’Institut Bergonié s’inscrit ainsi en pionnier du réseau d’excellence créé par Terascop.
Pour consulter le communiqué de presse, cliquer-ici.

Pour accéder à l’article presse réalisé par Sud Ouest, cliquer-ici.

Mise en place de l'appareil Rarecells®

Le laboratoire de biologie médicale a inauguré, en juin 2017, l’appareil RARECELLS®, acquis grâce au don du Comité Féminin Gironde. L’arrivée de la méthode d’isolement par la taille des cellules tumorales (ISET) ouvre de nouvelles perspectives dans la prise en charge précoce et affinée du cancer.

Cette méthode permet de détecter, par une simple prise de sang, le début de l’invasion du cancer et donne la possibilité de faire un diagnostic avant que la tumeur ou ses métastases ne soient détectables par imagerie. Elle pourra aider à traiter précocement et à prévenir les métastases. La possibilité de réaliser des analyses génétiques sur les cellules isolées permettra également de caractériser précisément les anomalies et pourra aider au développement de traitement ciblés.

Sa 1ère utilisation est dédiée à des projets de recherche dans le cadre des sarcomes métastatiques.

Accréditation du Département de Biopathologie selon la norme NF EN ISO 15189

Du 13 au 15 novembre 2019, s’est déroulée l’évaluation de surveillance 4 et d’extension COFRAC du Département de Biopathologie selon les normes NF EN ISO 15189 et NF EN ISO 22870.

Cette évaluation concernait :

  • l’unité de Biologie médicale du Département de Biopathologie,
  • le Système de Management de la Qualité du Département de Biopathologie
  • les examens de Biologie Médicale Délocalisée (USC et Tour d’hospitalisation).

Le bilan de cette visite est très positif : Cinq situations d’écarts non critiques ont été relevées, dont les plans d’action immédiatement proposés ont été jugés satisfaisants par les évaluateurs. Les éléments de preuve envoyés ont permis de démontrer la maîtrise des situations d’écart. Des points à surveiller et surtout 10 points forts ont été mis en évidence.

Ce succès résulte de l’implication de tous les acteurs du Département de Biopathologie et de l’USC et Tour d’hospitalisation. Les évaluateurs COFRAC ont conclus sur la très grande compétence du personnel et sur une démarche qualité très dynamique et performante.

MISE EN PLACE DU LOGICIEL DE PRESCRIPTIONS CONNECTÉES NETSIG

Ce portail permet une visibilité complète en temps réel du parcours de l’échantillon depuis la prescription jusqu’au
rendu de résultat, par tous les acteurs (clinicien prescripteur, laboratoire d’anatomopathologie et plateforme de
biologie moléculaire).
L’Unité de Pathologie Moléculaire de l’Institut a ouvert son portail de prescriptions connectées pour les tests de génétique
somatique ; NETSIG (https://prescriptions.bordeaux.unicancer.fr). Ce portail permet aux cliniciens (ou à leur secrétariat) de
prescrire les tests au laboratoire d’anatomocytopathologie (ACP) possédant les échantillons. Il permet à tous (cliniciens,
pathologistes) d’avoir accès au catalogue des examens régulièrement mis à jour, de suivre en temps réel l’état de la
demande (statut envoi échantillon par l’ACP, réception par la plateforme), de connaître la date prévisionnelle de rendu
des résultats et d’être alerté dès la validation des résultats. Le portail accessible sur PC, tablette ou smartphone, est
totalement sécurisé et la visibilité des demandes peut être partagée par les médecins et les secrétariats impliqués dans
la prise en charge du patient. Les demandes ainsi initiées dans NETSIG sont plus rapidement transmises à la plateforme
de biologie moléculaire. La suppression du délai d’envoi du compte-rendu (CR) par voie postale permet sa consultation
dès sa validation. En pratique le CR est consulté par le clinicien dans les trois heures après sa diffusion.

OUVERTURE DE BERGO'LAB

L’Unité de Biologie Médicale a ouvert un Centre de Prélèvement permettant aussi bien aux patients suivis dans
l’établissement qu’à des patients externes de bénéficier de la réalisation d’examens biologiques sur le plateau technique
et dans des délais courts. Ce projet entre entièrement dans l’orientation de l’ouverture de l’hôpital vers la ville et permettra
de faciliter l’accès aux stratégies de dépistage du cancer, et à terme, de proposer des stratégies de Biologie préventive
dans le cancer ou les états physiologiques favorisant (nutrition, stress, vieillissement…).

MISE EN PLACE DU PARTENARIAT FOUNDATION MÉDECINE, DANS LE CADRE DE LA RECHERCHE CLINIQUE

Le concept de médecine de précision consiste à adapter les traitements en fonction des caractéristiques moléculaires uniques de chaque tumeur et de chaque individu. Grâce à l’augmentation de l’arsenal thérapeutique, le choix des traitements et l’utilisation des thérapies ciblées et des immunothérapies en oncologie reposent sur cette définition moléculaire des tumeurs.
Le département de Biopathologie participe à de nombreux projets de recherche visant à guider la prise en charge du patient et à adapter le traitement, grâce à des analyses génomiques larges couvrant la majeure partie des gènes du cancer.
Un partenariat avec la société Foundation Medecine, spécialisée dans la caractérisation moléculaire des tumeurs par séquençage nouvelle génération (NGS) avec de larges panels couvrant tous les types d’altérations moléculaires d’intérêt, a été mis en place fin 2020. Ce partenariat permet de proposer aux patients qui sont référés à la RCP Essais Précoces, un profilage extensif de leur tumeur ainsi que le même profilage sur la biopsie liquide. L’utilisation de grands panels en biopsie liquide à partir d’une simple prise de sang est particulièrement innovante car non seulement c’est un acte non invasif et facilement répétable mais cela permet d’aborder la question d’une éventuelle hétérogénéité tumorale et de rechercher des mécanismes de résistance au traitement sans avoir à refaire une biopsie tissulaire.
Dans le cadre de ce partenariat, l’unité de Pathologie Moléculaire est également labellisée par FMI comme « laboratoire satellite » pour son processus préanalytique d’extraction d’ADN à partir de prélèvements FFPE.
Ce partenariat représente une opportunité d’améliorer la prise en charge des patients en cancérologie. L’exploitation de ces données contribuera également à la compréhension et au développement de nouvelles stratégies diagnostiques et thérapeutiques.

Plus de 80 professionnels de la santé travaillent dans le département :
12 médecins, 1 pharmacien, 4 assistants spécialistes des CLCC, 5 ingénieurs biologistes, 1 responsable qualité, 1 cadre médico-technique de laboratoire, 1 conseillère en génétique, 42 techniciens, 2 assistants techniques et 10 assistantes médicales
qui travaillent sur une surface d’environ 1200 m² répartis en 5 unités.

Le département de BioPathologie de l’Institut Bergonié est constitué

de 5 unités spécialisées différentes :

Unité d'Anatomie et Cytologie Pathologiques

L’Unité d’Anatomie et Cytologie Pathologiques où s’effectue l’analyse des tissus et des cellules pour établir le diagnostic et le pronostic des cancers mais aussi pour chercher des facteurs prédictifs de réponse aux différents traitements. Les médecins de cette unité ont une expertise reconnue dans les domaines de la pathologie des tissus mous, du sein, de la gynécologie et de l’hématologie solide. Pour découvrir la présentation détaillée, veuillez cliquer sur le visuel ci-contre.

L’équipe

Dr Gaëtan MAC GROGAN (Coordonnateur du département, responsable d’unité); Dr Houda BEN REJEB; Dr Benjamin BONHOMME; Pr Jean-Michel COINDRE; Dr Sabrina CROCE; Dr Rym EL MEDDEB HAMROUNI; Dr Cécile HARTOG; Dr François LE LOARER; Dr Raul PERRET; Dr Isabelle SOUBEYRAN

Plateau Technique

L’unité d’anatomie et de cytologie pathologiques dispose de tous les automates nécessaires à la réalisation des techniques histologiques et cytologiques et de 4 automates Benchmark Ultra de Roche Diagnostics pour la réalisation des techniques immunohistochimiques.

 

⌈Pour nous envoyer un prélèvement en vue d’un examen d’Anatomie et Cythologie Pathologiques :

〉Prélevements intramuros

  • Manuel prélèvement : ACP-DCO-0007
  • Catalogue de prestations et d’analyses unité d’Anatomo-Cyto-Pathologie : ACP-DCO-0003
  • Fiche de demande d’examen anatomo-pathologique : ACP-FQ-0046
  • Conditions d’envoi des pièces opératoires au laboratoire d’Anatomo-Cyto-Pathologie : ACP-PROC-0016
  • Conditions et envoi des biopsies au laboratoire d’Anatomo-Cyto-Pathologie : ACP-PROC-0009
  • Modalités de transport des prélèvements vers le laboratoire d’Anatomo-Cyto-Pathologie : ACP-FICO-0010
  • Gestion des prélèvements urgents : ACP-FICO-0011
  • Critères d’acceptation préanalytique : ACP-PROC-0006
  • Frottis et prélèvements de liquides biologiques autres que le sang : BIOL-PROC-0041
  • Destination des frottis et des liquides biologiques autres que le sang : BIOL-LOG-0013
  • Biopsie Ostéo-médullaire (B.O.M.) : SOINS-FITC-0008
  • Communication entre le Bloc Opératoire et le laboratoire d’Anatomo-Cyto-pathologie : ACP-FICO-0015

〉Prélèvements réalisés à extérieur de l’Institut Bergonié

  • Manuel prélèvement : ACP-DCO-0007
  • Catalogue de prestations et d’analyses unité d’Anatomo-Cyto-Pathologie : ACP-DCO-0003
  • Fiche de demande d’examen anatomo-pathologique : ACP-FQ-0046
  • Critères d’acceptation préanalytique : ACP-PROC-0006
  • Modalités de transport des prélèvements externes vers l’Unité d’Anatomie et cythologie pathologiques : ACP-FICO-0019

 

⌈Pour nous adresser une demande d’avis anatomopathologique et/ou de relecture :

  • Manuel prélèvement : ACP-DCO-0007
  • Demande d’avis anatomo-pathologique et/ou relecture : ACP-FQ-0029
  • Catalogue de prestations et d’analyses unité d’Anatomo-Cyto-Pathologie : ACP-DCO-0003
  • Modalités de transport des prélèvements externes vers l’Unité d’Anatomie et cythologie pathologiques : ACP-FICO-0019

Unité de Biologie Médicale

Le laboratoire de biologie médicale participe à prise en charge du patient par la réalisation du dosage d’analyses sanguins, médullaires, urinaires ou d’autres prélèvements liquides :

  • Ces dosages permettent d’évaluer l’état du patient avant tout traitement, de suivre l’efficacité et les effets secondaires des traitements (chirurgicaux, médicaux ou par radiothérapie) et de poser des diagnostics en Hémato-oncologie
  • Ils sont réalisés sur des équipements modernes, régulièrement actualisés, qui participent à l’optimisation de l’organisation du parcours du patient ;
  • Ils permettent le suivi de l’efficacité des nouveaux traitements médicaux (immunothérapie, thérapies ciblées) :
  • En collaborant avec l’Unité de Génétique Tumorale pour le traitement pré-analytique des biopsies liquides permettant l’analyse de l’ADN tumoral circulant
  • En développant des examens permettant d’évaluer ces thérapies, particulièrement dans la prise en charge multidisciplinaire des cancers du sein, des cancers hématologiques et de la thyroïde.

Les biologistes de l’Unité ont développé une expertise en Hémato-oncologie, en consolidant le secteur spécialisé de Cytométrie Flux et les thématiques de recherche dans ce domaine, notamment sur la Leucémie Lymphoïde Chronique, et en participant activement à des groupes de travail régionaux et nationaux.

Le laboratoire  participe également au développement et à la valorisation des collections biologiques au sein du Centre de Ressources Biologiques pour les projets de recherche clinique ou thérapeutique, ainsi qu’à l’optimisation de la filière pré-analytique pour la certification de l’Unité de Recherche Clinique selon la norme ISO-9001

Enfin, de nouvelles thématiques autour de la cytométrie (analyse des sous-populations lymphocytaires, tris cellulaires pour analyses génétiques, recherche de cellules tumorales circulantes) sont développées en collaboration avec les équipes cliniques et d’imagerie interventionnelle.

L’équipe

Dr Françoise DURRIEU (responsable d’unité), Dr Julie BLANCHI (praticienne), Dr Benoit Rucheton (praticien)

Unité d'Oncogénétique - Laboratoire de génétique moléculaire

L’Unité d’Oncogénétique où sont réalisées les consultations de patients et de leurs familles chez lesquels on suspecte la présence d’une anomalie génétique prédisposant à la survenue de cancers et où sont recherchées, dans l’ADN des globules blancs du sang, les mutations de gènes de prédisposition à la survenue de cancers. Les praticiens de cette unité ont une expertise reconnue dans la génétique de prédisposition des cancers du sein, gynécologique et digestive.

L’équipe

Responsable d’unité : Pr Nicolas SÉVENET

PRACTICIENS : Dr Virginie BUBIEN; Dr Emmanuelle BAROUK-SIMONET; Dr Anika BENSEN; Dr Michel LONGY; 

CONSEILLÈRES EN GÉNÉTIQUE : Angela BABIN; Anaïs DUPRE; Eglantine JOLLY

INGÉNIEURS BIOLOGISTES : Françoise BONNET-DORION; Natalie JONES; Sabine RAAD

> En savoir plus sur le laboratoire de génétique moléculaire

>  En savoir plus sur l’unité d’oncogénétique

Unité de Pathologie Moléculaire

Le diagnostic et le pronostic d’une lésion cancéreuse reposent sur des critères cliniques et anatomopathologiques. Au sein du Département de Biopathologie,  l’Unité de Pathologie Moléculaire dispose de technologies de screening moléculaire, permettant l’identification d’altérations moléculaires spécifiques ou caractéristiques du diagnostic, de signature pronostique ou l’identification de cibles thérapeutiques permettant d’orienter les choix thérapeutiques, en particulier vers les thérapies ciblées.

L’équipe

RESPONSABLE D’UNITÉ: Dr Isabelle SOUBEYRAN

PRATICIENS : Dr Mélissa ALAME; Dr Houda BEN REJEB; Dr Laura BLOUIN ; Dr Benjamin BONHOMME; Dr Sabrina CROCE; Dr Emmanuel KHALIFA; Dr Gaëtan MACGROGAN

INGÉNIEURES BIOLOGISTES : Mme Isabelle HOSTEIN; Mme Claire LARMONIER; Nathalène TRUFFAUT JABOUILLE

L’unité de pathologie moléculaire participe aussi aux activités de Recherche Clinique, notamment en réalisant des screening moléculaires dans le cadre d’essais thérapeutiques.

 

POUR NOUS ENVOYER UN PRÉLÈVEMENT EN VUE D’UN EXAMEN DE PATHOLOGIE MOLÉCULAIRE :

L’Unité de Pathologie Moléculaire de l’Institut Bergonié a ouvert son portail de prescriptions connectées pour les tests de génétique somatique ; NETSIG.
Ce portail permet aux cliniciens ou aux pathologistes (ou à leur secrétariat) de prescrire les tests en ligne. Il permet à tous (cliniciens, pathologistes) d’avoir accès au catalogue des examens régulièrement mis à jour, de suivre en temps réel l’état de la demande (statut envoi échantillon par l’ACP, réception par la plateforme), de connaitre la date prévisionnelle de rendu des résultats et d’être alerté dès la validation des résultats qui sont téléchargeables en ligne. Le portail accessible sur PC, tablette ou smartphone, est totalement sécurisé et la visibilité des demandes et des résultats peut être partagée par les médecins et les secrétariats impliqués dans la prise en charge du patient.

POUR TOUS RENSEIGNEMENTS COMPLEMENTAIRES, merci de contacter le secrétariat :

Autres documents :

  • Manuel prélèvement : ACP-DCO-0007
  • Catalogue des analyses de Pathologie moléculaire : PAM-DCO-0002
  • Modalités de transport des échantillons vers l’unité de Pathologie Moléculaire : PAM-FICO-0001
  • Critères d’acceptation des prélèvements dans l’unité de Pathologie Moléculaire : PAM-FITC-0050

Consulter la liste RIHN en vigueur : en cliquant ici.

Centre de Ressources biologiques

Un Centre de Ressources Biologiques (CRB) est une structure qui prend en charge des échantillons biologiques des patients associés à des données cliniques, pathologiques et/ou biologiques pour les mettre à disposition d’équipes de recherche dans le cadre de projets dûment évalués, en assurant leur traçabilité et leur qualité. Le CRB-IB assure également la cryoconservation des échantillons sanitaires.

Mme Lisa SEILLER (responsable d’unité)

En savoir plus sur le Centre de Ressources Biologiques

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